L’église de Foncenex est fondée au XIIe siècle par le prieuré de Saint-Victor de Genève (monastère clunisien). Le presbytère (maison du curé) et le cimetière complètent les bâtiments de cette paroisse dédiée à Saint Martin de Tours.
Pendant cinq siècles la vie de Foncenex est associée à celle de Gy, car les habitants de ce village viennent à l’office à Foncenex.
Après la réforme, Gy est séparé de Foncenex et dispose dès lors de son temple. L’église et le presbytère tombent en désuétude, n’ayant plus suffisamment de subsides pour leur entretien.
Victor Amédée II Duc de Savoie apportera son aide pour sauver momentanément ces bâtiments. Une gravure sur une pierre à l’intérieur du presbytère atteste de ce don fait au début du 18éme siècle.
En 1793 Foncenex est rattaché à Veigy mais conserve son église et son cimetière. Elle est progressivement abandonnée pour être finalement détruite en 1811.
Les terrains, ainsi que le presbytère, seul survivant du passé paroissial de Foncenex, ont été vendus à un particulier en 1823.
Le bâtiment accueillera une épicerie (famille Simond), un bistrot (famille Musetelli puis Mme Coigné). Il est actuellement la propriété de M. Windisch.
